Terbukanya kran demokratisasi pasca reformasi telah menjadi lahan subur tumbuh dan berkembangnya kelompok-kelompok radikal berbasis agama. Perkembangan radikalisme dan konservatisme agama di Indonesia berkembang luas bukan hanya pada level pemikiran, tapi sudah berwujud pada tindakan-tindakan kolektif yang merusak, menyerang dan menghancurkan prinsip maupun nilai toleransi dan keberagaman, bahkan dalam bentuknya yang paling mematikan sikap ini telah berwujud pada aksi-aksi terorisme. Kekerasan yang dahulu didominasi oleh negara, saat ini telah termutasi kepada aktor non negara dengan derajat kekerasan dan kerusakan yang semakin membahayakan. Perkembangan radikalisme juga turut mengancam keberadaan kelompok minoritas, mereka kerap menjadi korban serta rentan kehilangan hak-hak dasarnya hanya karena memiliki perbedaan pandangan dalam suatu keyakinan dengan masyarakat luas atau mayoritas.
Pelatihan Implementasi Modul Pembelajaran Hak Asasi Manusia di Aliyah dilaksanakan sebagai upaya untuk memperkuat kesadaran masyarakat secara umum, dan komunitas pesantren secara khusus, atas Hak Asasi Manusia. KontraS Surabaya meyakini bahwa HAM harus terus ditumbuhkembangkan, terutama bagi kelompok masyarakat yang memiliki potensi besar untuk memberikan pengaruh perubahan di masa depan. Pesantren dan sekolah-sekolah Islam (madrasah), sebagai komunitas pendidikan berbasis agama yang sangat berpengaruh di Indonesia, didorong untuk lebih memahami dan berkomitmen atas HAM secara lebih luas agar dapat mengantisipasi terjadinya kekerasan dan radikalisme berlatar belakang agama yang semakin membahayakan.
Pelatihan kedua ini diadakan di Magetan, tanggal 22 hingga 24 Desember 2016, bekerja sama KontraS Surabaya dengan Pondok Pesantren Cokrokertopati Takeran dan Rabithah Ma’ahid NU Jawa Timur. Peserta dari acara pelatihan merupakan perwakilan-perwakilan dari pondok pesantren di sebagian Jawa Timur, seperti Madiun, Magetan, Ponorogo, dan lainnya. Materi awal yang disampaikan adalah mengenai konsep dasar dan prinsip-prinsip HAM serta sejarah dan dasar pemikiran HAM dalam Islam (Madinah Charter). Kemudian dilanjutkan dengan pemberian materi terkait HAM dan keadilan gender dalam Islam, yang disampaikan oleh Kyai Husein Muhammad. Selain itu adapula pemaparan konsep ukhuwah dalam Islam dan toleransi, hak-hak masyarakat miskin hingga bijaksana dalam mengolah informasi di dunia maya, terutama yang berhubungan dengan isu-isu sensitif seperti agama. Peserta diharapkan mampu memahami dan menjelaskan prinsip-prinsip HAM dan keterkaitannya dengan Islam serta memperluas pandangannya perihal Islam, kemanusiaan dan toleransi.
